Shotgun Proteomics
Overview
Shotgun proteomics 采用 “bottom-up” 策略对待研究体系的全部蛋白（例如细胞、 组织、体液以及 SDS-PGE 胶条等体系中的蛋白质）进行分析，即通过蛋白酶酶 切、脱盐、Nano 液相色谱法分离肽段、再利用超高分辨串联质谱鉴定肽段，最 后采用软件算法进行定性与定量分析。Shotgun proteomics 具备全局蛋白质鉴定 和系统描绘动态蛋白质组的能力，这一方法在研究蛋白质组学中得到广泛应用， 为深入理解复杂生物体系的蛋白质组成和功能提供了有效手段。
Technical process

提取蛋白后采用高特异性Trypsin，LysC等蛋白酶进行酶切反应获取peptide混合物。Peptide脱盐处理后采用Nano LC-MS/MS获取高质量谱图。再使用专用软件对质谱数据进行database search，再结合统计学验证完成不同样本的定量分析，最后依据实验样本、实验目的等进行生物信息学分析。

Steps Involved
  • 技术支持人员确认需求
  • 样本寄送
  • 酶切实验
  • 质谱检测
  • 出具报告

项目交付周期为14 - 21 个工作日

Sample requirement
蛋白溶液形式：蛋白量不低于 50 μg，浓度不低于 0.5μg/μL，溶液不能含有NP40, Triton, X-100等去污剂。
胶条形式：考马斯亮蓝染色后条带清晰可见。
组织、细胞、体液、粪便等其他样本形式请咨询技术人员。
Deliverables
出具正式报告，报告实验过程、定性定量结果，依据实验目的可提供包括 Peptide mapping、差异表达分析、Gene Ontology、protein-protein interaction 以及 KEGG pathway 等各种定制化分析结果。