PTM (W/O enrichment)
Overview
蛋白质的翻译后修饰（PTMs）即蛋白质合成过程在翻译期间或之后发生的化学修饰。这些翻译后修饰增加了蛋白质组的功能多样性，且在许多细胞过程中发挥关键作用，包括细胞分化、蛋白质降解、信号传导和调节过程、基因表达调控以及蛋白质相互作用等。常见的翻译后修饰包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、醋酰化、脂质化、蛋白质裂解等。因此，翻译后修饰的表征（包括修饰类别和修饰位点）在细胞生物学以及疾病诊断和预防研究中具有至关重要的意义。
对于部分 PTM 分析可采用 Shotgun proteomics 策略直接进行分析与一般 Shotgun proteomics 方法区别在于进行
database search 时需要特殊关注感兴趣的 PTM。而另外一部分 PTM 分析，由于部分 PTM
在整个蛋白质组的水平下丰度较低，或者修饰集基团在样品处理过程中容易丢失或改变，无法直接采用 Shotgun
proteomics策略进行分析，往往需要进行有针对地进行富集或者衍生化后再富集等策略再采用 Shotgun
proteomics 进行分析。
Technical process
提取蛋白后采用高特异性 Trypsin，LysC 等蛋白酶进行酶切反应获取 peptide 混合物。Peptide 脱盐处理后对于需要进行富集分析的 PTM 进行特异性富集后采用 Nano LC-MS/MS 获取高质量谱图。再使用专用软件对质谱数据进行 database search，再结合统计学验证完成不同样本的定量分析，最后依据实验样本、实验目的等进行生物信息学分析。
Steps Involved
- 技术支持人员确认需求
- 样本寄送
- 酶切实验
- PTM peptide 富集
- 质谱检测
- 数据分析
- 出具报告
项目交付周期为14 - 21 个工作日
Sample requirement
蛋白溶液形式：蛋白量不低于 50 μg，浓度不低于 0.5μg/μL，溶液不能含有NP40, Triton, X-100等去污剂。
组织、细胞、体液、粪便等其他样本形式请咨询技术人员。
Deliverables
出具正式报告，报告实验过程、PTMs 类型位点修饰比例等信息，依据实验目的可提供包括 Peptide mapping、差异表达分析、Gene
Ontology、protein-protein interaction 以及 KEGG
pathway 等各种定制化分析结果。